조약 제한세율만 챙기면 끝? 2026년, 원천징수에 조용히 추가된 절차 하나

미국 본사에 매달 소프트웨어 사용료를 송금하는 한국 자회사 재무담당자가 얼마 전 연락을 주셨습니다. 세법이 바뀌어 내년 2월에 원천징수 관련 서류를 세무서에 처음 내야 한다는데, 대체 무슨 서류인지 모르겠다는 겁니다. "제한세율로 원천징수는 몇 년째 문제없이 해 왔는데, 이제 와서 뭘 더 내라는 거죠?"

결론부터 말씀드리면 세율이 바뀐 게 아닙니다. 절차가 하나 늘었습니다. 지금까지는 실질귀속자에게 신청서를 받아 회사가 보관만 하면 됐지만, 2026년부터는 그 신청서를 세무서에 직접 제출해야 합니다. 이번에 지급하는 2026년분의 첫 제출 시점은 2027년 2월 말일입니다.

무엇이 달라졌나

외국법인이나 비거주자가 대한민국에서 얻는 이자, 배당, 사용료를 비롯한 국내원천소득에 조세조약의 제한세율을 적용받으려면, 실질귀속자가 원천징수의무자에게 제한세율 적용신청서와 실질귀속자임을 증명하는 서류를 냅니다. 이 신청서를 미리 받아 두어야 낮은 제한세율로 원천징수할 수 있고, 이 점은 예전과 똑같습니다.

달라진 건 회사가 그 서류를 어떻게 처리하느냐입니다. 종전에는 신청서를 받아 회사가 보관만 하고 있다가, 세무서가 요구할 때 꺼내 보이면 됐습니다. 2026년부터는 그 서류를 보관하는 데 더해, 관할 세무서에 정기적으로 제출해야 합니다. 같은 신청서인데, "받아서 보관"에서 "받아서 보관하고 제출"로 바뀐 겁니다.

누가, 언제, 무엇을

의무를 지는 쪽은 소득을 지급하는 원천징수의무자입니다. 앞의 사례로 말하면 본사에 사용료를 보내는 그 자회사가 여기에 해당합니다. 다만 본사와의 거래에만 국한되지 않습니다. 지급 상대가 그룹 본사이든 자본관계가 전혀 없는 해외 거래처이든, 특수관계가 있는지와 무관합니다. 비거주자나 외국법인에게 이런 소득을 지급하면서 제한세율로 원천징수하는 국내 회사라면 모두 이 의무를 집니다.

제출 기한은 국내원천소득 지급일이 속하는 연도의 다음 연도 2월 말일입니다. 이 절차는 2026년 1월 1일 이후 제한세율 적용을 신청하는 분부터 적용하므로, 실제 첫 제출은 2027년 2월 말일입니다.

이 기한은 회사의 결산월과 무관합니다. 법인세 신고와 달리 원천징수에 딸린 절차라, 소득을 지급한 날이 속한 해를 기준으로 다음 해 2월 말일에 냅니다. 3월 결산이든 12월 결산이든, 2026년 중에 지급했다면 제출 시점은 똑같이 2027년 2월 말일입니다.

내야 하는 서류는 실질귀속자에게 받은 제한세율 적용신청서와 실질귀속자 증명서류이고, 국외투자기구를 통해 소득을 지급하는 구조라면 국외투자기구 신고서도 함께 냅니다. 한 번 받은 신청서는 내용에 변동이 없으면 일정 기간 다시 받지 않아도 되지만, 세무서에 내는 정기 제출은 지급이 있었던 해마다 돌아옵니다.

법령 근거

법인세법 제98조의6, 소득세법 제156조의6: 조세조약상 제한세율 적용을 위한 원천징수 절차 특례

법인세법 시행령 제138조의7, 소득세법 시행령 제207조의8: 신청서 제출 방법, 3년 재제출 특례, 5년 보관의무

시행: 2026년 1월 1일 이후 조세조약상 제한세율 적용을 신청하는 분부터

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작성: JH Kim, 한국공인회계사(KICPA) · 2026년 7월

본 글은 일반적인 정보 제공을 목적으로 하며, 특정 사안에 대한 세무·법률 자문이 아닙니다. 세무 처리 결과는 개별 사실관계에 따라 달라지며, 본 글에 근거한 어떠한 행위에 대해서도 회계법인 윤은 책임을 지지 않습니다. 실제 적용 전 반드시 자격 있는 전문가의 개별 검토를 받으시기 바랍니다. 2026년 7월 기준이며, 이후 개정으로 내용이 달라질 수 있습니다.